Batwoman enquête sur la disparition d’enfants et affronte Medusa, une organisation criminelle et mystique basée en plein cœur de Gotham City. Ce groupe est dirigé par Christopher Gladius et sert une mystérieuse entité appelée la « Mère ». Mao, un métamorphe, est également au service de Medusa et, à l’aide d’incantations magiques, donne vie aux superstitions des habitants de Gotham. Il crée ainsi La Pleureuse, en noyant des enfants et en capturant l’âme de leur mère éplorée, et donne vie à d’autres légendes urbaines comme par exemple Ashoth, tueur d’enfants doté d’un crochet, Mary Worth qui vole le visage des petites filles, ou encore le reptile mangeur d’hommes, une version transformée de Killer Croc. Mao contrôle tous ces monstres et utilise leurs capacités surnaturelles pour enlever des enfants qui serviront d’offrande à « Mère ».
En parallèle, les membres de D.E.U.S., le Département des événements Ultra-Spéciaux, ont découvert l’identité secrète de Batwoman et la menacent d’envoyer son père en prison si elle ne travaille pas pour eux. C’est donc sous les ordres de l’agent Cameron Chase que Batwoman remonte la piste de Medusa. Elle y perd en autonomie mais y gagne en équipement, puisque le D.E.U.S. lui fournit entre autres une fléchette dotée d’une intelligence artificielle, des gants taser et un costume pare-balle.

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Pour infiltrer les rangs de D.E.U.S., Mao utilise ses capacités de métamorphe : il s’invente une soeur, Sune, qui serait en quête de vengeance contre lui-même, et sous cette apparence, collabore avec Batwoman. Sans le savoir, celle-ci exécute donc le plan minutieusement élaboré par son ennemi. Elle retrouve néanmoins les enfants, combat les monstres et Glaudius, tandis que Mao profite de la faiblesse de son patron pour le tuer et prendre sa place dans l’organisation de Medusa. Avant de s’enfuir avec les enfants, Mao parvient à faire accuser l’héroïne du meurtre de Claudius et à devenir le nouveau bras droit de « Mère ». L’agent Chase quant à elle, reproche à Batwoman de l’avoir empêché de tuer Mao, faute de vouloir franchir la limite qui la sépare du meurtre. Côté vie privée, Kate Kane a aussi fort à faire pour maintenir son couple à flot. En effet, les obstacles ne manquent pas : les rendez-vous amoureux entre Kate et Maggie sont fréquemment interrompus par les obligations de l’une ou de l’autre, sans compter le fait que Maggie travaille sur la même affaire que Batwoman, poussant la justicière à fréquemment affronter sa petite amie. Pour mieux se rapprocher, elles décident cependant de s’accepter mutuellement et ce, avec « tous leurs fantômes ». Au même moment, Jacob Kane parvient à faire sortir du coma Bette, alias Flamebird, la cousine de Kate. Des évènements mis en perspective à travers un fash-back consacré aux origines de Batwoman, dans lequel elle raconte elle-même son parcours initiatique.

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