Cinq longues années durant, Superman a imposé au monde son règne despotique, donnant naissance à une véritable guerre civile au sein du peuple et des héros censés le protéger. D’un côté, les alliés du régime, convaincus que leurs méthodes oppressives et violentes étaient le seul moyen de maintenir l’ordre et la sécurité de tous. De l’autre, les insurgés menés par Batman, oeuvrant jour après jour pour renverser le despote et ainsi empêcher des massacres de masse…
Malgré tous leurs efforts, de nombreuses pertes n’ont pu être évitées, et ce dans les deux camps. Parmi elles, le Joker, à l’origine du conflit, Nightwing, Green Arrow, Jim Gordon, Lex Luthor ou encore Alfred Pennyworth. Et les survivants eux-mêmes ne semblent pas être sortis indemnes de ce terrible affrontement. Si ces années ont permis à Harley Quinn de s’affranchir du joug de son amant pour devenir une femme libre et indépendante, d’autres, comme Flash, doivent désormais vivre avec leur conscience et accepter d’avoir soutenu les actions d’un tyran.
Grâce à l’intervention d’un Superman venu d’une Terre parallèle, et à l’acharnement de Batman et ses coéquipiers, Superman est désormais derrière les barreaux dans l’attente de son procès. Pour les autres, l’heure est à la reconstruction, humaine et matérielle. Un nouveau départ que tous ne voient pourtant pas du même oeil…
Depuis que Superman a été mis hors d’état de nuire, il en va de la responsabilité de Batman de recouvrer la confiance du peuple terrien et d’assurer sa sécurité une bonne fois pour toute.
Mais rapidement, d’autres forces s’élèvent dans l’espoir de profiter du vide laissé par l’ancien tyran. Batman n’a plus beaucoup d’alliés pour l’épauler, mais il pourra au moins compter sur l’aide d’Harley Quinn. Au même moment, la Suicide Squad infiltre le Pentagone…